zasadniczo - we wszelkich pompach oś powinna być albo __poziomo__, albo pionowo - widziałem to w instrukacjach zarówno do akwariówek (Hydor, Hagen, Eheim), pomp do WC (takich jak w sklepie RN), a także przy pompach c.w.u. (tam wręcz sugerują tylko poziome ułożenie trzpienia).
Nie napisałeś jaką masz pompę - nową, czy uzywaną ... ?
Może wirnik / trzpień się wyrobił i zanim się nie rozgrzeje to o coś trze / wpada w wibracje ?