Podstawowe różnice na korzyść P5Q-E:
trzy, zamiast dwóch portów PCI-E x16, zewnętrzny port SATA2, podwójna karta sieciowa Gigabit LAN, mechaniczne oraz optyczne wyjście S/PDIF (P5Q PRO jedynie optyczne), inna karta dźwiękowa - 7.1 High Definition Audio ADI AD2000B wobec 7.1 High Definition Audio Realtek ALC1200, przyciski zasilania i restartu umieszczone na płycie głównej, trzy wobec dwóch złączy zasilających wentylatory obudowy.
P5Q-E jest wzbogacona w dodatkowe narzędzia zarządzające poborem energii, dźwiękiem oraz odzyskiwaniem biosu.
Generalnie, za wyborem P5Q-E może przemawiać to, iż przy niewiele wyższej cenie zwiększona została w pewnym stopniu funkcjonalność, a najistotniejsze - możliwość obsługi trzech kart graficznych na PCI-E.