Miałem podobny problem, kupiłem kontroler usb3 firmy MSI i dysk twardy transcend storejet, dysk znikał z systemu i zaraz się pojawiał, skopiowanie dużej ilości danych w jednym ciągu było niemożliwe. Próbowałem różnych wersji starowników i FW (w tym czasie chyba 3.x wersja była najnowsza) do kontrolera jednak z mizernym skutkiem. Poddałem się i sprzedałem kontroler. Kilka tygodni temu kupiłem ponownie kontroler usb3 tym razme firmy digitus (ten sam chip nec/renesas) z tym, że miał on wgrane oryginalnie FW w wersji 4.x podłączyłem dysk i zero problemów :) Gdzieś czytałem, że może to też być wina kontrolera w obudowie dysku, konkretnie chodzi i chip marvella - wejdź na stronę producenta dysk i sprawdź czy nie ma jakieś aktualizacji.