na razie kup chłodnicę 360, 60mm grubości (jeżeli wejdzie z 25mm wentylatorami), na to co masz wystarczy, chyba że chcesz mieć bardzo cicho, to wtedy niskoobrotowe wentylatory i dwie chłodnice.
bloki na RAM, płytę główną są dla picu. Wyglądają ładnie i to w zasadzie tyle. Raczej nie bierze się ich pod uwagę przy potrzebnych chłodnicach bo w dzisiejszych czasach oddają śmiesznie mało ciepła w porównaniu do twojego r9 290X. Blok na HDD jest już totalną fanaberią, w zasadzie się ich nie stosuje. Oczywiście pamiętaj że to twój układ, rób tak żebyś to ty był zadowolony ;)
2011v3 bym sobie odpuścił, X99 to dosyć problematyczna platformą, a stawiam, że następne płyty intela w segmencie HEDT będa miały już inną podstawkę.
Co do rurek, rozumiem że chodziło ci o węże (giętkie) a nie rurki akrylowe (sztywne). Te drugie są bardzo problematyczne, poza wyglądem mają w zasadzie same wady i wymagają doświadczenia. Zdecydowanie polecałbym węże, najlepiej Tygon (najdroższe, ale najlepsze). Zastanów się też jakie węże byś chciał, standardem są takie o zewnętrznej grubości 16mm i 10mm.
co do termometrów to ja mam przepływowy firmy aquacomputer i sobie chwalę :)
Co do mojej porady, przeczytaj poradnik kolegi Ivanova, napisał kawał porządnego kompedium wiedzy o LC, z pewnością warto się zapoznać. http://overclock.pl/Articles/Show/Id/592,chlodzenie-wodne-kompleksowy-poradnik