Tez do wczoraj myślałem że to co opisuje jest niemożliwe, powiem więcej gdybym przeczytał to co napisałem to pomyślałabym że ktoś opowiada bajki. Problem rozwiązałem trochę na chybił trafił ale się udało. Poniżej rozwiązanie, może komuś się kiedyś przyda:
Najpierw odpaliłem chkdsk /f na uszkodzonym dysku, znalazł problemy, naprawił je ale na pierwszy rzut oka nic się nie zmieniło. Później odpaliłem testdisk, przeskanowalem dysk i nie znalazł żadnych problemów, pokazywał nadal te zdublowane katalogi. Wtedy wpadłem na pomysł żeby odpalić Total commander z odhaczona opcją pokazywania plików ukrytych i systemowych i BINGO. W ukrytym katalogu systemowym ".found-000000/00000/000/" znajdowały się wszystkie moje pliki, z całą strukturą katalogów kompletnie nienaruszone. Teraz wystarczyło je tylko przekopiować na inny dysk.
Wydaje mi się że w momencie uruchomienia chkdsk, aplikacja naprawiając strukturę katalogów umieściła je tam. Taką mam teorię, nie znam się na tym więc może błędną. Pewne jest tyle że tak jak wspomniałem wyżej, udało się odzyskać 100% danych.
Szczere podziękowania dla osób udzielajacych się w temacie. Może kiedyś ktoś trafi na ten post i oszczędzi mu to stresów.