98 i XP na jednym dysku to same problemy. Lepiej zainstaluj od nowa kazdy na innej partycji bo wczesniej czy pózniej oba systemy przestana poprawnie działac.
Jeżli chodzi o boot.ini to w sekcji Operating system pownno wystarczyć dopisanie wiersza c:="Windows 98"
Polecam też wyszukiwarke forum, bo było o tym wiele razy.
Update.
Uruchom komputer z dyskietki startowej w DOS i wykonaj polecenie
sys a: c:
potem polecenie
debug.exe L 100 2 0 1 N C:Win9x.w9x R BX 0 R CX 200 W QDopisz w sekcji operating system w boot.ini
C:Win9x.w9x="Microsoft Windows 98"
Na koniec uruchom komputer z płyty XP i w konsoli odzyskiwania wpisz FIXBOOT.