Rysy są niegroźne. Właśnie po to nakładamy pastę termo, żeby je wszystkie załatać. ;) Możesz też wykonać lapping procesora co pozwoli pozbyć się rys oraz przy okazji zwiększy oddawanie ciepła na radiator. Ewentualnie kup CLP - pasta na bazie metalu, która łączy się z IHS procesora.
Co do nakładania pasty - zrób to tak jak napisał kolega xbora. To najlepszy sposób. Pozatym piszesz, że masz stg-1, a Tą nakłada się jak lakier do paznokci. Dodatkowo jeżeli masz cooler z HDT (bezpośredni dotyk Heat Pipe do procesora) to zamaż pastą miejsca połączeń HP ze stopą.
Tak jak zrobiono to tutaj: http://i28.tinypic.com/2i9ihb8.jpg