troche stary temat, ale sam mialem taki problem ostatnio i nie szukalem po forkach.
Nalezy wyeksportowac plik do runnable jar (np: NAZWA_1.jar), stworzyc plik NAZWA_2.BAT i w tym pliku wpisac:
-------------------------
java -jar NAZWA_1.jar
--------------------------
i zapisac a nastepnie uruchomic doubleclickiem na NAZWA_2.BAT
Do wyrzucania komunikatow w javie uzywalem System.out.println(); i dziala.