W pionowym montażu (wnioskuję na podstawie swojego doświadczenia w branży serwerowej) srednia żywotność dysku u nas spadła z 4 do ok 3 lat. Jeżeli jest na gwarancj to serwis zawsze nam wymieniał je na nowe sztuki, lecz dane przedpadały. Dyski oczywiście pracują 24/7. Nie wiem jak to się będzie zachowywało w przypadku częstszych rozruchów, gdzie działają większe wewnętrzne przeciążenia w dysku i ogólnie rozruch jest najbardziej wymagającym momentem dla mechaniki dysku.
Co do wentylacji to moje zdanie jest takie: nie jakas szczelina tylko normalny wentyl który będzie je chłodził. Pamiętaj, że powietrze z chłodnic będzie podgrzewało temperaturę w budzie, a co za tym idzie dysków. Ciężko mi powiedzieć jaka będzie temperatura na wylocie powietrza z chłodnicy pionowej (za krótko siedzę w LC) ale wydaję mi się (jeżeli powietrze będzi chłodne), że można spróbować montaż pionowy. Myślę o wykorzystaniu oryginalnego kosza na hdd (obócenie go w taki sposób, aby dyski były pionowo i prostopadle do chłodnicy tak, że powietrze przez nią przechodzące będzie mogło schłodzic dyski, wewntualnie dodatkowo można dołożyć wentyl na dole kosza hdd wiejącego pionowo do góry).
Rady mogą być mało celne ze względu na Twój plan wykorzystania przestrzeni przed chłodnicą, aczkolwiek myślę ze warto przemyśleć.