W ustawieniach zasilania systemu Windows możesz ustawić czas po jakim wyłączane są bezczynne dyski to pierwsza rzecz,
druga to pewnie kontroler USB sprawdź czy w menedżerze urządzeń nie masz opcji do "wyłączania tego urządzenia gdy jest nie używane" - dla niektórych urządzeń można to ustawić.
Sprawdził bym także BIOS może zawiera jakieś opcje związane z wyłączaniem USB.
Po takim odmontowaniu dysk jest widoczny np. w menadżerze dysków bez przypisanych liter ? Czy może w ogóle go system nie zauważa/nie reaguje na podpięcie ?