Według mnie lepiej zostawić NTFS. Prędkość działania dysku zależy od tego co znajduje sie na partycji i czesto ntfs chodzi szybciej od fata. Jeżeli na partycji masz małą ilość duzych plików to mozna zamienić na fata, przy dużej ilość małych plików ntfs jest szybszy.
A co do naprawy dysku to nie lepiej zrobić to windowsowym programem, z naprawą ntfs radzi sobie bardzo dobrze.