Jeżeli system masz obecnie na SSD, to windowsowy boot manager znajduje się wciąż na HDD (to on widnieje jako bootowalne urządzenie w EFI) i to z niego następuje bootowanie - tak bywa, gdy instaluje się windowsa na kolejnym dysku nie odłączając pierwszego.
Prawdopodobnie najprościej będzie wyjąć HDD, zabootować ponownie z pendrive i wybrać w instalatorze naprawę systemu. Partycja MSR jest na obu dyskach, ale prawdopodobnie tylko na HDD jest ustwiona jako active, instalator to poprawi, jak usuniesz HDD.
Druga opcja - pod windowsem za pomocą diskpart ustawić flagi na partycji MSR na SSD (albo gparted) - wówczas w EFI w boot options powinien się pojawić SSD jako bootowalne urządzenie.