Możesz spróbować "sformatować" go za pomocą dowolnej dystrybucji linuksa posiadającej program dd. Jak znasz kogoś obeznanego w temacie to poproś go o wyzerowanie pendrive.
dd if=/dev/zero of=/dev/sdX bs=1M
X - litera, pod którą system "widzi" pendrive. Tą literę można odszukać np za pomocą programu fdisk:
fdisk -l
P.S. Problem z dd jest tylko taki, że ktoś może mieć szybsze ręce niż mózg i zamiast pendrive może wyzerować twardy dysk.